蒙医基础实验中心成立于2012年，实行二级管理模式，是集科研、教学多项职能为一体的新兴科室，也是学院对外交流，促进科研与教学全面发展的重要窗口。本实验中心的主要任务是致力完成蒙医基础、诊疗、蒙药研究工作的基础上，开展更深层次上的科学研究。
本中心现有面积约60㎡，拥有仪器设备有20余台，设备总额约190万元；现实验室专职人员3名，1名博士和2名硕士，具有扎实的实验操作能力和指导能力。目前主要承担着蒙药专业本科生蒙医基础教学实验；承担着学院部分教师的科研和研究生课题的研究工作。承担着国家自然基金项目3项；承担着内蒙古医疗卫生科研计划项目1项；承担着学校博士启动基金项目1项；承担着学校大学生科技创新“英才培育”项目2项；教材方面：获批编译出版2014年全国大中专院校蒙古文教材1部。
蒙医基础实验中心，在本科教学、科学研究方面主要有以下思路，⑴动物行为学研究方面：包括蒙医三根动物模型分辨、小动物常用疾病模型的制作及评价系统、动物形态学方面的研究以及同物种不同个体，同个体不同细胞或不同生理（病理）状态的差异等。⑵生物学、分子生物学、生物化学方面：如慢性心衰蒙医证型相关研究、遗传性疾病的研究和病原体的检测及肿瘤的病因学、发病学、诊断和治疗等方面开展多项实验。完成这些实验内容需要PCR、分子克隆、核酸电泳、琼脂糖凝胶电泳、测序、DNA， RNA 提取、cDNA文库构建、miRNA基因表达或差异表达、miRNA质检、层析分离技术、电泳技术、分光光度检测技术等。⑶组织形态学研究方面：完成这些实验内容需要开展常规石蜡切片制作、冰冻切片制作、组织切片染色（HE染色技术、瑞氏染色法、过碘酸一雪夫反应亲和免疫组织化学SABC染色方法、直接荧光法染色、间接荧光法染色）、病理组织的诊断检材技术（取材、洗涤和脱水、透明、浸蜡、包埋、切片与粘片、脱蜡、染色、脱水、透明、封片固定）等技术等。⑷细胞生物学研究方面：完成这些实验内容需要细胞培养相关技术（原代培养、传代培养、细胞的冻存、细胞复苏）、MMT技术对贴壁细胞生长活性的检测、细胞化学染色技术、细胞凋亡等检测技术等。⑸药物代谢或药物动力学研究方面：开展部分实验，包括主要是定量研究药物在生物体内的过程（吸收、分布、代谢和排泄）。在创新药物研制过程中，药物代谢动力学研究与药效学研究、毒理学研究处于同等重要的地位，已成为药物临床前研究和临床研究的重要组成部分。
本中心的未来以学院发展总体目标为指导，结合蒙医基础实验中心发展规划，用较短的时间建设成实用型、科技型、服务型、开放型的实验室为宗旨。
动物血流变测试仪
动物血象分析仪
欧姆龙动脉硬化检测仪
全自动酶标仪
荧光显微镜
组织冻干机
