蒙医药基础实验中心成立于2012年，实行二级管理模式，是集科研、教学多项职能为一体的新兴科室，也是学院对外交流，促进科研与教学全面发展的重要窗口。本实验中心的主要任务是致力完成蒙医药学科研究工作的基础上，开展更深层次上的科学研究。
本中心现有面积约150㎡，拥有仪器设备有110余台，主要包括四级杆飞行时间质谱联用仪、高效液相色谱、制备液相、动物血项分析仪、动物血流变测试仪、生化分析仪、尿液分析仪、酶标仪、半自动切片机、冰冻切片机、冻干机、制粒机、活细胞工作站等科研设备；本中心现有专职人员5名，1名博士和4名硕士，具有扎实的实验操作能力和指导能力。本中心拥有先进的科研仪器，设备资源充足，科研环境优良，有效支撑着蒙医药学科建设。实验中心实行对外开放和设备资源共享制度，承担着国家自然科学基金项目、内蒙古自治区科技计划项目、内蒙古自然科学基金项目以及其他级别各类各级科研项目和研究生、本科生科研创新项目，为蒙医药学科科学研究和人才培养提供着可靠的科研环境。

实验中心秉承“对外开放、交流合作、科技创新、为民服务”的原则，以学院发展总体目标为指导，结合蒙医药基础实验中心发展规划，建设成实用型、科技型、服务型、开放型的实验室为宗旨，服务于广大师生科学研究作。